Окончил Московский геологоразведочный институт им. С. Орджоникидзе в 1968 году. Работал геологом. Первый рассказ «Спасибо» опубликован в 1962 году в газете «Красноярский комсомолец». Первая серьёзная публикация в журнале «Новый мир» состоялась в 1976 году (с предисловием Василия Шукшина) и принесла Евгению Попову всесоюзную славу. Принят в Союз писателей в 1978 году.
Широко печатается как прозаик и эссеист в российских журналах, альманахах, газетах «Знамя», «Новый мир», «Волга», «Весть», «Зеркала», «Вестник новой литературы», «Вестник Европы», «Огонёк», «Согласие», «Дружба народов», «Континент», «Октябрь», «Столичная вечерняя газета», «Эсквайр», «Взор», «Сноб», интернет-издание «Грани.ру» и др.
Является секретарём Союза писателей Москвы, одним из основателей и вице-президентом Русского ПЕН-центра, ассоциированным членом Шведского ПЕН-центра.
Отмечен премиями журналов «Волга» (1989), «Стрелец» (1995), «Знамя» (1998), «Октябрь» (2002), премией Союза писателей Москвы «Венец» (2003), памятным знаком венгерского Министерства культуры «Pro cultura Hungaria» (2005). Лауреат премий «Триумф» (2009) и «Большая книга» (2012).
Заслуженный работник культуры Российской Федерации.
