Писатель, эссеист, журналист, москвовед и культуролог.
Родился 17 ноября 1966 в Москве. Окончил факультет журналистики Московского государственного университета имени М.В. Ломоносова. Работал редактором отдела эссеистики журнала «Новая Юность» с момента его основания в 1993 году и до 2000 года. В 1996 году основал «Эссе-клуб», который курировал вплоть до его закрытия в 2000 году. В 1997 – 1998 годах был обозревателем «Независимой газеты» по архитектуре.
Начиная с 1998 года Рустам Рахматуллин читает лекции по москвоведению и краеведению (региональной истории) в Институте журналистики и литературного творчества (ИЖЛТ).
В 2004 – 2011 годах вёл рубрику «Осторожно, Москва» в газете «Известия». Являясь одним из основателей журнала «Московское наследие», в 2006 – 2008 годах был заместителем его главного редактора.
В 2009 году стал одним из основателей общественного градозащитного движения «Архнадзор», входит в его координационный совет. С 2011 по 2019 год – автор и ведущий цикла краеведческих репортажей «Облюбование Москвы» на телеканале «Россия-24».
С сентября 2012 года преподаёт москвоведение в Московском архитектурном институте (МАрхИ).
Является участником литературно-исследовательской группы «Путевой журнал». Программный директор культурно-просветительского проекта «Школа наследия», стартовавшей 25 февраля 2015 года.
Лауреат премии журнала «Новый Мир» (2002), Национальной литературной премии «Большая книга» (2008), премии Правительства РФ в области культуры (2010), премии имени Д.С. Лихачёва за выдающийся вклад в сохранение культурного наследия России (2010). Дипломант Союза архитекторов России за серию статей, посвящённых проблеме охраны памятников архитектуры Москвы (2005).