Родилась в 1951 году в Баку.
Училась скульптуре в Суриковском институте и у Эрнста Неизвестного (1967 – 1974), в 1974 году закончила Литературный институт имени А.М. Горького. С 1977 преподавала лепку в Химкинской школе искусств. В 1990 году переехала в Израиль.
Автор более 40 книг на 11 языках.
В деятельности Макаровой значительное место занимает изучение и пропаганда художественного творчества узников нацистских концлагерей. Вместе с соавторами ею были подготовлены четыре книги, объединённые серийным названием «Крепость над бездной»: «Терезинские дневники, 1942 – 1945» (2003), «Я – блуждающий ребёнок. Дети и учителя в гетто Терезин, 1941 – 1945» (2005), «Терезинские лекции, 1941 – 1944» (2006), «Искусство, музыка и театр в Терезине. 1941 – 1945». Среди других работ на эту тему – выставки и книги о художнице школы «Баухауз» Фридл Дикер-Брандейс, одной из основателей искусствотерапии. Книга «Фридл Дикер-Брандейс. Жизнь во имя искусства и преподавания» вышла сперва на немецком в Вене в 1999 году, затем на английском, чешском, французском и японском языках.
В период с 1988 по 2011 год Елена Макарова курировала 38 выставок на тему «Культура под гнетом нацизма» в России, Израиле, США, Чехии, Японии, Швеции, Франции, Австрии, Норвегии, Дании и Германии.
Проводит мастер-классы по искусствотерапии.
